En una de sus excursiones al acantilado que hay junto a su casa, Sosuke se encuentra con un pez de colores atrapado en un frasco. Tras liberarlo, decide adoptarlo como mascota y bautizarlo con el nombre de Ponyo. Sin embargo, Ponyo no es un pez cualquiera; en lo más profundo de su ser radica el deseo de convertirse en humano.
