La batalla por el planeta Tierra ha terminado, pero ha empezado la batalla por el Universo.
Tras volver a Cybertron, Starscream asume el liderazgo de los Decepticons y decide regresar a la Tierra con un nuevo batallón, uno más fuerte que antes.
Los Autobots, creyendo que la paz era posible, se enteran de que el cuerpo de Megatron ha sido robado de la fuerzas militares, un robo realizado por Scorponoc. Este revive a Megatron usando su propia chispa. Ahora Megatron ha vuelto y busca venganza. Pero los Autobots también consiguen nuevos integrantes.
